ICAN Omics metabolomics
Objectifs
La stratégie développée au sein de notre plateforme se base sur le profilage d’un large nombre de métabolites en utilisant des compétences multidisciplinaires combinant des outils bio-informatiques, statistiques et des bases de données biochimiques pour l’interprétation des résultats à l’aide d’un spectromètre de masse à haute résolution couplé à des systèmes chromatographiques.
Services et Équipements
- Étude du métabolome
- Acquisition et interprétation de profils métabolomiques
- Analyse et quantification de plusieurs familles de métabolites
- Conseil et mise en place des dosages métabolomiques
- Annotation, identification et élucidation structurale des métabolites (HRMS, MS/MS)
- Développement et réalisation de méthodes spécifiques (‘Custom method’)
Approche ciblée
Quantification absolue des acides aminés, voie du tryptophane, voie du métabolisme de la choline (TMAO, Choline…), acide gras à courte chaine (SCFAs), acides biliaires (en dvlpt)
Méthode de profilage
Détection et quantification relative de composés en lien avec le microbiote et appartenant à la famille :
- Méthode 1 : acides aminés, composés organiques, phénols, méthylamines et quelques indoles
- Méthode 2 : Acylcarnitines, acides gras libres et acides biliaires
Approche non ciblée
Etude du métabolome globale par l’intermédiaire de plusieurs méthodes chromatographiques.
Détection de plus de 200 métabolites dans les biofluides (plasma-sérum)
Matrices biologiques d’études.
Sérum-Plasma, LCR, urines, fèces, Caecum, PBMC et cellules gliales.
Autres matrices sous conditions d’études pilotes
(Contacter le responsable opérationnel pour plus d’informations – Farid Ichou f.ichou@ihuican.org)
Réseaux et Collaborations
- Formation : plateforme référence du parcours Biomics du master STA2E de Université Paris Est Créteil
- Réseaux locaux : UMS RésOmique (Sorbonne Université), AP-HP, Inserm U1166
- Réseaux nationaux : MetaboHub, RFMF, Consortium Microbiote INSERM
- Réseaux internationaux : Metabomeeting, european regional metabolomics networks, Metabolomics Society
Conditions d'accès
L’accès à notre plateforme se fait par l’intermédiaire d’une demande analytique. Télécharger le formulaire ici
Vous pouvez consulter la charte d’utilisation ici.
La démarche après réception du « request form » est la suivante :
- Soumission de la request form à la plateforme via “demande Analytique” au responsable de la plateforme Farid Ichou : f.ichou@ihuican.org
- Évaluation du projet et établissement d’une proposition tarifaire
- Validation du cahier des charges et signature d’un devis/convention
- Réception des échantillons
- Réalisation des travaux selon le cahier des charges (ou le devis)
- Présentation du rapport final d’étude
Certifications
Label IBiSA obtenu en 2020 (https://www.ibisa.net/plateformes/icanalytics-635.html)
Equipe et contact
Philippe Lesnik, (DR, UMR ICAN 1166)
Directeur scientifique
Maharajah Ponnaiah (IR, ICAN)
Biostatisticien
Sora Lecocq (Tech, ICAN)
Technicien
Comité scientifique
Pr. Fanny Mochel (ICM)
Dr. Foudil Lamari (APHP)
Dr. Ivo Gomperts Boneca (Institut Pasteur)
Dr. François Fenaille (CEA)
Wilfried Le Goff UMR (ICAN 1166)